Dalam rangka meningkatkan efisiensi dan peningkatan pelayanan kepada calon/jemaah haji maka telah dilakukan perubahan sistem pengasramaan haji di Asrama Haji Embarkasi Jakarta Pondok Gede sebagai berikut :
a. Tahun 1979 s/d 1987 pengasramaan haji menggunakan sistem 2 X 24 jam;
b. Tahun 1987 s/d 1994 menggunakan sistem 35 jam;
c. Tahun 2001 menggunakan sistem 10 jam. Akan tetapi dalam evaluasi haji sistem pengasramaan 10 jam dinilai berpengaruh terhadap kondisi kesehatan jemaah haji karena berkurangnya waktu istirahat, sehingga caln/jemaah haji mengalami kelelahan. Maka mulai pengsaramaan haji tahun 2002 dikembalikan lagi kepada sistem pengasramaan 24 jam.
Beberapa kegiatan yang dikuti calon/jemaah haji selama proses pengasramaan antara lain :
a. Menyerahkan koper besar ke Petugas Bea Cukai untuk diperiksa dan ditimbang dan proses Xray;
b. Melapor kepada petugas pendaftaran dengan menyerahkan Surat Panggilan Masuk Asrama (SPMA) dan lembar biru;
c. Mendapat kartu makan dan kartu akomodasi.
d. Pemeriksaan buku kesehatan di counter kesehatan
e. Naik bus menuju gedung Penginapan. Di gedung penginapan calon/jemaah haji menerima Living Cost, Gelang identitas dan Boarding pass/tiket pesawat
f. Pembinaan haji yang berupa ceramah akhlaqul karimah dan kesehatan dilanjutkan dengan praktek ibadah haji di lapangan manasik haji
